Em 2009, o Enem sofreu mudanças profundas. Deste modo, sua matriz de referência foi reformulada. Segundo o Ministério da Educação (MEC), os objetivos dessa mudança eram:
- Democratizar as oportunidades de concorrência às vagas federais de ensino superior. Dessa forma, o exame poderia ser utilizado nos processos seletivos das universidades públicas federais, diversificando as oportunidades de acesso às instituições nas diferentes regiões do país;
- Induzir a reestruturação dos currículos do ensino médio, já que são os vestibulares tradicionais não unificados que acabam orientado a elaboração dos currículos dessa etapa de ensino.
Entre 1998 e 2008 as provas eram estruturadas a partir de uma matriz de 21 habilidades, em que cada uma delas era avaliada por três questões. Assim, a parte objetiva das provas era composta por 63 itens interdisciplinares aplicados em um único caderno. A reestruturação do Enem provocou mudanças em sua matriz de referência. Agora, a Matriz do Enem está organizada em 5 eixos cognitivos que são comuns a todas as áreas. Cada área possui de 6 a 9 competências que são desdobradas em habilidades. Cada competência é desdobrada de 3 a 6 habilidades.
Ciências da Natureza e suas tecnologias
A área compreende o conjunto de conhecimentos trabalhados na escola nas seguintes disciplinas:
- Química
- Física
- Biologia
Segundo a Matriz de Referência do Enem, a área possui 8 competências e 30 habilidades.
Ciências Humanas e suas tecnologias
A área de Ciências Humanas e suas tecnologias compreende o conjunto de conhecimentos trabalhados na escola nas seguintes disciplinas:
- Geografia
- História
- Filosofia
- Sociologia
Segundo a Matriz de Referência do Enem, a área possui 6 competências e 30 habilidades.
Linguagens, Códigos e suas tecnologias
A área de Linguagens, Códigos e suas tecnologias compreende o conjunto de conhecimentos trabalhados na escola nas seguintes disciplinas:
- Língua Portuguesa
- Língua Estrangeira
- Literatura
- Artes
- Educação Física
- Tecnologia da Informação e Comunicação
Segundo a Matriz de Referência do Enem, a área possui 9 competências e 30 habilidades.
Matemática e suas tecnologias
A área de Matemática e suas tecnologias compreende o conjunto de conhecimentos trabalhados na escola na disciplina de matemática, focado em:
- Álgebra
- Geometria
- Grandezas e medidas
Segundo a Matriz de Referência do Enem, a área possui 7 competências e 30 habilidades.