As notas do Enem são classificadas numa escala de 0 a 1000, mas, na prática, o aluno nunca irá obter essas pontuações. Isso porque o Inep adotou em 2009 a Teoria da Resposta ao Item (TRI) para calcular a pontuação dos participantes. Assim, as notas não são mais calculadas pela soma dos acertos, e sim pelo nível de dificuldade das questões acertadas e, mais que isso, a coerência dos acertos. A ideia também era que, com a TRI, fosse possível comparar todas as edições posteriores do Enem, já que os itens seriam medidos pelo grau de dificuldade.

Assim, a menor nota da prova terá relação com a menor proficiência exigida nos itens da prova naquele ano. Por exemplo, se a questão mais fácil da prova tem proficiência 370, esta será a menor nota. Por não existirem itens que avaliam proficiências abaixo de 370, a única inferência possível é a de que o aluno tem no máximo proficiência de 370, mas é possível que seja abaixo deste valor. De maneira análoga, um aluno que tem nota 960 pode ter proficiência maior, mas a escala da prova não permite mensurar.

Para isso, as questões, antes de serem aplicadas, são classificadas como fáceis, medianas e difíceis, e cada uma possui um peso diferente. Sendo assim, pessoas que acertem o mesmo número de questões em uma mesma edição do exame provavelmente não obterão a mesma pontuação. Outro diferencial importante da TRI é que ela ajuda a reconhecer se um participante acertou uma questão ao acaso ou não.